Trônant sur le rocher, bien visible depuis la mer, le bâtiment du musée océanographique préfigure l'intérêt du Prince Albert 1er - le "Prince Navigateur" - vers les sciences et la biologie marine. Dès 1889, le bâtiment est construit afin d'abriter ses collections et de permettre la conduite d'études.
Accroché ostensiblement sur la falaise face à la mer, la façade Sud affiche un empilement de styles qui confère une sensation éclectique et hiérarchique propre à certains courants de la Belle-Époque.
L'avant-corps central repose sur deux enormes piliers qui rappellent les tours médiévales. Ce néo-gothique s'affirme avec le choix des matériaux (pierres massives avec un traitement en bossage) qui supportent un balcon crénelé, lui aussi inspiré de l'architecture militaire médiévale : on observe des mâchicoulis portés par des arcades.
De part et d'autre de cet avant-corps, on observe pour les soubassement trois grandes arcades qui forment des baies écrasées en panier d'osier. L'ensemble est traîté en bossage.
Ces parties inférieures sont démarquées du reste par un bandeau rythmé avec deux cordons encadrants de petites baies rappelant les tribunes des architectures religieuses médiévales. Elles sont traitées avec un petit appareil bien agencé. Au-dessus, on répète l'élévation avec de grandes arcades, étroites et traîtées avec un bossage mouluré. Enfin des fenêtres hautes éclairent le dernier étage. Surplombant l'avant-corps, un fronton triangulaire à corniche rappel les frontons antiques. Juste au-dessous se lit "Océanographie".
La rigueur de cette façade, la hiérarchisation de ses étages et l'aboutissement en un fronton antiquisant au sommet de l'avant-corps sont des éléments qui pourrait, dans l'esprit de l'époque, évoquer la supériorité des sciences et de ses disciplines (étudiées durant l'antiquité) sur le désordre et la pénombre historique (médiévale). Le bâtiment évoquerait le triomphe de l'érudition sur la nature et sur l'histoire.
Le musée est l'un des bâtiments les plus imposants du rocher avec le palais de Monaco, le seul à être à flanc de falaise et à descendre le long de cette falaise jusqu'à la mer Méditerranée, 80 m plus bas. Le prince-savant déclara lors de l'inauguration : « Ici, messieurs, vous le voyez, la terre monégasque a fait surgir un temple fier et inviolable dédié à la divinité nouvelle qui règne sur les intelligences ».
L'intérieur rassemble une collection de spécimens mise-en-valeur dans des bacs, parfois assez imposants !*
